Autorem publikacji pt. "Scripta manent – zawsze zostaje ślad", w której księdza profesora Rogowskiego oskarżono o współpracę z SB, jest Paweł Warot, pracownik olsztyńskiej delegatury Instytutu Pamięci Narodowej. Podtrzymuje on swe zarzuty. Według publikacji, ks. Rogowski miał być pozyskany do współpracy w 1982 r. i przyjąć pseudonim "Kamil". Współpraca ks. Rogowskiego miała trwać 8 lat, a "Kamil" miał być "wyjątkowo ważnym i cennym źródłem informacji dla olsztyńskiej SB. Miał dostarczać licznych informacji dotyczących przede wszystkim kościoła na Warmii, olsztyńskiej kurii i duchownych diecezji, a także Polonii z Włoch i Niemiec", gdzie ks. Rogowski wyjeżdżał na studia i kursy językowe. To właśnie chęć zdobywania paszportów na kolejne wyjazdy miała być powodem nawiązania współpracy wówczas wikariusza ks. Rogowskiego z SB. "Ta publikacja to same bzdury. Nie współpracowałem z bezpieką, co więcej byłem jej ofiarą, rozpracowywało mnie trzech agentów. Przed kilkoma tygodniami, gdy dowiedziałem się o planowanej publikacji na mój temat, zwróciłem się do IPN o pokazanie mi dokumentów. Widziałem swoją teczkę, jest sfabrykowana" - powiedział PAP ks. Rogowski. Zapowiedział, że przeciwko autorowi publikacji wystąpi na drogę sądową, gdzie będzie domagał się przeprosin.