Na uczelni jest obecnie kontrolowana przez NIK, skarbówkę i resort szkolnictwa wyższego. Powodem trudnej sytuacji jest fakt, że w ubiegłym roku władze uczelni wydały ponad 50 mln zł więcej niż wpłynęło do kasy uczelni. Jak powiedział Józef Górniewicz chodzi przede wszystkim o inwestycje remontowo – budowlane, który do września ubiegłego roku był prorektorem Uniwersytetu, a od obecnego roku akademickiego jest jego rektorem. Profesor Górniewicz winą za obecną sytuację obarcza swojego poprzednika, senatora Ryszarda Góreckiego. Zdaniem Górniewicza, poprzedni rektor przeszacował inwestycje nie precyzując źródeł ich finansowania. Były rektor prof Ryszard Górecki nie poczuwa się jednak do winy. Jak mówi, uczelnia to przedsiębiorstwo w którym trzeba samodzielnie opracowywać plany pozyskiwania nowych środków finansowych. Uczelnia jest obecnie kontrolowana przez NIK, skarbówkę oraz resort szkolnictwa wyższego. Wszystkie 3 kontrole najprawdopodobniej zakończą się na początku lutego. Kontrola NIK-u dotyczy finansowania uczelnianych inwestycji. Pozostałe dwie kontrole dotyczą projektów unijnych prowadzonych przez uczelnię w latach 2006-2007 oraz wydatków związanych ze stypendiami dla studentów i doktorantów. Dodajmy, że Uniwersytet Warmińsko - Mazurski zatrudnia około 3 tysięcy pracowników i jest jednym w największych pracodawców w regionie.