Od 2004 roku, po zmianie ustawy o Agencji, pieniądze wypłaca Ministerstwo Edukacji Narodowej. Od tego czasu co roku są opóźnienia w wypłatach. Ministerstwo Finansów wypłaca pieniądze z rezerw docelowych na wniosek wojewodów i Ministra Edukacji. A ci zgodnie z uchwałą Rady Ministrów z 2006 roku mają na to czas do końca marca. Miesięczne stypendium dla młodzieży ze środowisk popegeerowskich wynosi 200 zł. Będą one wypłacane jeszcze do czerwca 2008 roku, gdy szkoły ukończą ostatni uczniowie, którym Agencja Nieruchomości Rolnych przyznała stypendia.