Sąd rejonowy w Olsztynie 16 września przedłużył Małkowskiemu areszt o kolejne dwa miesiące tj. do połowy listopada. Zażalenie na tę decyzję do Sądu Okręgowego złożyli obrońcy prezydenta Olsztyna, którzy w rozmowie z mediami twierdzili wówczas, że ze strony ich klienta nie zachodzi już podnoszona przez prokuraturę obawa matactwa, czy utrudnianie postępowania. Sąd rejonowy we wrześniu na wniosek prokuratury przedłużył Małkowskiemu areszt, ale nie o trzy miesiące jak wnioskowali śledczy, ale dwa tj. do połowy listopada. Małkowski przebywa w areszcie od 14 marca. Prezydent Olsztyna podejrzany jest o molestowanie urzędniczek i gwałt na jednej z nich, ciężarnej. Zanim Małkowski został aresztowany, stanowczo zaprzeczał pojawiającym się w mediach informacjom na ten temat. Sprawa dotycząca Małkowskiego trafiła do Białegostoku z prokuratury olsztyńskiej, gdyż ta złożyła wniosek o jej wyłączenie ze względu na możliwość pojawienia się ewentualnych zarzutów o brak bezstronności. Białostocka prokuratura nie informuje o szczegółach śledztwa. Z informacji prasowych wynika, że prezydent Olsztyna przyznał podczas przesłuchania w prokuraturze, że utrzymywał stosunki seksualne z urzędniczką, ale twierdzi, że działo się to za obopólną zgodą. Ze względu na ważny interes społeczny prokuratura zezwoliła mediom na podawanie danych podejrzanego i pokazywanie jego wizerunku. Inne śledztwo, dotyczące przestępstw o charakterze gospodarczym, prowadzi wobec prezydenta Olsztyna prokuratura w Łomży. Mimo licznych apeli i próśb radnych Czesław Małkowski nie złożył mandatu prezydenta Olsztyna. Dlatego radni zdecydowali o przeprowadzeniu referendum w tej sprawie. Wstępnie termin głosowania planowany jest na drugą połowę października.