Muzeum ma swoje oddziały w Olsztynie, Morągu, Lidzbarku Warmińskim, Stębarku, Reszlu, Mrągowie i Szczytnie. W oddziałach nie tylko gromadzone są cenne dzieła sztuki, ale odbywają się wystawy, prelekcje i spotkania z ciekawymi ludźmi. Z okazji jubileuszu w olsztyńskim zamku zostanie otwarta wystawa "Złotnictwo dominium warmińskiego od XIV do XVIII wieku". Na wystawie zebrano ponad 160 obiektów złotniczych. Będzie można oglądać je od soboty 22 października do września przyszłego roku. W tym czasie odbędzie się kilka seminariów naukowych dotyczących tych dzieł. Efektem ma być album ze zdjęciami i opisami eksponatów.