Jak mówi członek zarządu województwa warmińsko-mazurskiego Adam Żyliński, kilkanaście projektów zgłoszonych do Programu Operacyjnego ma charakter pozakonkursowy co oznacza, że nie grozi im utrata finansowania, a jedynie zmiany w kształcie. Chodzi przede wszystkim o Port Lotniczy Mazury. Zarząd województwa chciałby, aby w regionie były 4 lotniska. Główne - w Szymanach i 3 mniejsze. Zdaniem komisarzy europejskich region mógłby sobie jednak nie poradzić z utrzymaniem tylu portów i dlatego unijne finanse najprawdopodobniej będą skierowane tylko do portu w Szymanach. Zdaniem posła Sojuszu Lewicy Demokraktycznej Tadeusza Iwińskiego, największym problemem jest krajowa 16-ka, która nie znalazła się na priorytetowej liście finansowanej z RPO. Zarzuty te odpierał Leonard Krasulski, poseł Prawa i Sprawiedliwości, który podczas spotkania zapewniał, że rząd pamięta o modernizacji 16-ki. Posłowie mieli także wątpliwości co do podziału pieniędzy na budowę pozostałych dróg w regionie. Na Warmię i Mazury z Regionalnego Programu Operacyjnego do wykorzystania w latach 2007-2013 ma trafić ponad miliard euro.