Prokuratura w Łomży pod koniec kwietnia przedstawiła Małkowskiemu dwa zarzuty przekroczenia uprawnień i niedopełnienia obowiązków w sprawach związanych z zarządzaniem mieniem miasta. Prokuratura czeka jeszcze na pewne dokumenty i będzie powoływać biegłego. Od jego opinii zależy, czy prezydentowi Olsztyna postawione zostaną kolejne zarzuty dotyczące niegospodarności w miejskich inwestycjach. Na razie Małkowski podejrzany jest o wyrażenie zgody na oddanie w użytkowanie wieczyste nieruchomości w Olsztynie przy ul. Bartąskiej, a następnie szybkie wyrażenie zgody na sprzedaż tej nieruchomości. Miasto miało stracić na tej transakcji ponad 200 tys. zł. Drugi zarzut dotyczy odraczania i zwolnienia z opłaty za użytkowanie wieczyste gruntu należącego do skarbu państwa w Olsztynie. Firmą zwolnioną z podatku był Polmozbyt. W tym przypadku miasto miało stracić 40 tys. zł. Prokuratura Okręgowa w Łomży bada także inne sprawy gospodarcze, które radni zgłosili śledczym jako działanie Małkowskiego na szkodę miasta. Chodzi m.in. o wyrażenie przez prezydenta zgody na remont nowo wybudowanej ul. Sielskiej z użyciem tańszych i - zdaniem ekspertów - gorszych materiałów.